Որպես հոգևոր և մշակութային կենտրոն՝ Հաղպատի վանքը ծաղկում է ապրել հատկապես XII դարի 2-րդ կեսից մինչև XIV դարի վերջը՝ Տաշիր-Ձորագետի Բագրատունի կառավարիչների, ապա Զաքարյանների օրոք: XI– XIII դարերում հայտնի էին վանքի գրադարանը, դպրոցը, որտեղ ուսուցանվել են փիլիսոփայություն, հռետորություն, երաժշտություն, ընդօրինակվել և նկարազարդվել են ձեռագրեր: Վանքը բազմիցս տուժել է սելջուկների ու լեզգիների ասպատակություններից և երկրաշարժերից, որոնց մասին հիշատակում են պատմիչներն ու  վիմագիրները: Հարձակումներից պաշտպանվելու համար վանքը շրջափակվել է պարսպով, ստեղծվել են պաշտպանական հենակետեր, թաքստոցներ և այլ կառույցներ:

Սանահինի վանքը ներառում է Սբ Աստվածածին և Սբ Ամենափրկիչ եկեղեցիները՝ իրենց գավիթներով, Սբ Գրիգոր և Սբ Հարություն մատուռները, ճեմարանը, գրատունը, զանգակատունը, Կյուրիկյանների, Զաքարյանների և Արղության-Երկայնաբազուկների տոհմական դամբարանները: Համալիրի առաջին՝ Սբ Աստվածածին եկեղեցին կառուցվել է X դարի 30–40-ական թվականներին՝ Աբաս Ա Բագրատունի թագավորի օրոք: Եկեղեցին գմբեթավոր դահլիճ տիպի խաչագմբեթ ենթատիպի հնագույն օրինակներից է. գմբեթի բազմանիստ թմբուկը 1652 թ-ի վերանորոգման ժամանակ վերափոխվել է գլանաձևի և պսակվել կոնաձև վեղարով: Եկեղեցու ներսում պահպանվել են երբեմնի որմնանկարների որոշակի հետքերը: